《吉首大学学报（自然科学版）》（双月刊）1980年创刊，是由吉首大学主办的面向国内外公开发行的自然科学综合性学术刊物，2006起改为双月刊。现为湖南省一级期刊，湖南省优秀科技期刊，全国优秀高校自然科学学报，教育部优秀科技期刊。 《吉首大学学报（自然科学版）》主要刊发自然科学领域内各学科的创新性研究成果，辟有基础理论研究、应用研究、湘西生物资源研究、名人新论、博士论坛、重点学科等栏目。获奖情况：RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）；首届高校特色科技期刊；第二届中国高校特色科技期刊；第三届中国高校特色科技期刊；教育部优秀自然科学学报；湖南省一级期刊。
《吉首大学学报》（社会科学版）是吉首大学主管、主办的人文社会科学类综合性学术理论期刊。创刊于1980年，双月刊，逢单月15日出版，国内外公开发行。 《吉首大学学报》（社会科学版）期刊宗旨：积极履行理论教育、学术研究、人才培养、决策咨询等功能，为提高吉首大学科研水平和教学质量服务，为发展和繁荣我国社会科学学术研究事业服务。坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持正确的办刊方向，认真贯彻执行党和国家的出版方针与政策，遵守党和国家的宣传工作纪律；坚持正确的舆论导向，坚持为人民服务、为社会主义服务的“二为”方向，认真贯彻党的“双百”方针。坚持“出精品、创名刊、保特色、求发展”的编辑工作方针；坚持“尊重作者劳动、尊重读者需求、尊重学术创新”的编辑理念。获奖情况：中文核心期刊(2011)、中文核心期刊(2008)、全国百强社科期刊。